Para operacionalização do programa, as secretarias Seduc e SES deverão seguir prazos para a entrega dos dados, indicadores e índices à Comissão Especial criada para implantação do ICMS-Social, a qual realizará a conferência e remeterá à Sefaz para cálculo dos índices de ICMS a serem repartidos. Está previsto também prazo para impugnações dos municípios, para que então sejam encaminhados os índices definitivos ao Banco do Estado de Sergipe (Banese). Abaixo, o calendário a ser obedecido a partir de 2024:

Em linhas gerais, estas são as atribuições e os prazos do calendário do Programa a partir de 1º de janeiro de 2024:
- A SEDUC terá entre 1º de janeiro e 31 de maio para entregar os dados, indicadores e índices relativos ao IQE para a Comissão Especial;
- Os resultados do Saese saem, geralmente, em abril; de fluxo, em maio.
- A SES terá entre 1º de janeiro e 31 de maio para a entrega dos números relativos ao IQS para a mesma Comissão Especial;
- Os dados advindos dos sistemas Sinasc e SIM são coletados em abril, conforme Portaria da SES.
- A Comissão Especial terá até 15 de junho para conferir os dados encaminhados pela SEDUC e pela SES, devendo encaminhá-los à SEFAZ;
- A SEFAZ ficará responsável por realizar os cálculos dos índices provisórios da quota social (composta pelos índices do IQE e IQS) e da fiscal (índices do VAF) e publicá-los até 30 de junho;
- Os representantes municipais terão entre 1º e 30 de julho para impugnar tais quotas do ICMS-Municípios à SEFAZ, a qual as consolidará e encaminhará para a análise da Comissão Especial até 31 de agosto;
- A Comissão Especial terá entre 1º de setembro e 30 de novembro para análise das impugnações referentes à Quota Social. Então, encaminhará suas considerações à SEFAZ;
- Finalmente, a SEFAZ terá entre 1º e 31 de dezembro para julgar as impugnações e publicar os índices definitivos do IQE e IQS, ao tempo em que os encaminhará para o Banese.